یکی از مهم‌ترین ریسک‌های کریسپر که به وفور درباره‌ی آن بحث می‌شود، آنزیم Cas9 است. این آنزیم باید قسمت خاصی از توالی  DNA را برش دهد، اما ممکن است در قسمت‌های دیگری از ژنوم هم شکاف ایجاد کند که می‌تواند به جهش‌های ژنتیکی و افزایش احتمال ابتلا به سرطان منجر شود. محققان به دنبال این هستند که دقت کریسپر را افزایش دهند. به عنوان مثال، در ماه ژانویه، یک آزمایشگاه تغییری جزئی در آنزیم Cas9 ایجاد کرده بود که دقت آن را بالا می‌برد. در ماه آوریل هم گروه دیگری نشان داد که چگونه اثربخشی این آنزیم را افزایش دادند.

مشکلات بزرگ دیگری هم بر سر راه استفاده از کریسپر وجود دارد. سلول‌هایی که ویرایش ژنتیکی شده‌اند، ممکن است بسته به نوع بیماری در نهایت بمیرند و متخصصان مجبور شوند چند بار آنها را درمان کنند. همچنین محققانی که از روش‌های انتقال ژن و ویرایش ژنتیکی استفاده می‌کنند، برای انتقال DNA محدودیت‌هایی دارند. در حال حاضر، محققان کریسپر باید از دو ویروس متفاوت استفاده کنند تا اجزای کریسپر را به سلول‌ها برسانند. اما استفاده از یک ویروس برای انتقال DNA بهتر و کارآمدتر است.

افراد فعال در زمینه‌ی ژن درمانی از تکنولوژی کریسپر هیجان‌زده هستند. چرا که این تکنیک می‌تواند برای مقابله با بسیاری از بیماری‌های وراثتی مفید باشد. در بیماری‌هایی که روی دستگاه ایمنی تاثیر می‌گذارند، میزان پروتئین ترمیم شده باید به دقت تحت کنترل باشد. در موارد دیگری مثل بیماری کم‌خونی داسی‌شکل، بیماران به طور کامل درمان نمی‌شوند، مگر اینکه سلول‌های آنها دیگر پروتئین معیوب نسازد. بنابراین اضافه کردن یک ژن کافی نیست. دانبار می‌گوید: «با کریسپر بسیاری از بیماری‌ها را می‌توان از طریق ژن درمانی، درمان کرد، چون تکنیک اضافه کردن ژن نمی‌توانست برای اکثر بیماری‌ها جواب دهد.»

کارشناسان رشته‌ی ژن درمانی پس از دو دهه فراز و نشیب در این زمینه یاد گرفته‌اند که انتظارات‌شان از کریسپر را برای درمان بیماری‌ها بالا نبرند. «مارک کی»، یک محقق ژن درمانی از دانشگاه استنفورد می‌گوید: «هر وقت یک تکنولوژی جدید معرفی می‌شود، هیجان زیادی حول و حوش آن به وجود می‌آید و همه فکر می‌کنند که این تکنیک فردا آماده می‌شود و می‌تواند بیماران را درمان کند. آماده شدن این تکنولوژی زمان زیادی می‌برد.